প্রতিষ্ঠান পরিচালনার ক্ষেত্রে দারুল উলূম দেওবন্দের গঠনতন্ত্র ও 'উসূলে হাশতেগানা' শিরোনামের বিখ্যাত মূলনীতিগুলোই মাদরাসাতুল হারামাইন প্রধানত অনুসরণ করে। চলমান ব্যবস্থাপনা ১.আলহাজ্ব জসিমউদ্দীন আহমদ ও মুফতী মঞ্জুরুল হক কাসেমীকে ছদরে শূরা করে একটি 'মজলিসে শূরা' মূল কাস্টডিয়ান ও নীতি নির্ধারক হিসেবে দায়িত্ব পালন করছে। ২. আলহাজ্ব জসীমউদ্দিন আহমদ সাহেবকে সভাপতি ও মুফতী মঞ্জুরুল হক কাসেমী সাহেব কে সাধারণত সম্পাদক করে 'খাস মজলিস' নামে একটি কমিটি মাদরাসার অবকাঠামোগত উন্নয়ন, বিভিন্ন ব্যয় নির্বাহ, গণসম্পৃক্তি ও দাওয়াহ কার্যক্রমের মতো বড় বড় খিদমতগুলো আঞ্জাম দিয়ে যাচ্ছে। ৩. একটি 'আম মজলিস' বা 'সাধারণ পরিষদ' রয়েছে। খাস মজলিসের কোনো পদ খালি হলে প্রয়োজনে 'আম মজলিস' থেকে নির্বাচন করা হয়। এছাড়াও বিভিন্ন গুরুত্বপূর্ণ প্রয়োজনে তাদের মতামত ও সহযোগিতা গ্রহণ করা হয়। মাদরাসার বর্তমান কারগুযারী গত চার বছর যাবত মাদরাসাতুল হারামাইন ওয়াক্ফকৃত ত্রিশ (৩০) শতাংশ জায়গায় পরিচালিত হয়ে আসছে (১০ শতাংশ জনাব আজহার আলী খাঁন,১০ শতাংশ মুফতী মঞ্জুরুল হক কাসেমী, ১০ শতাংশ হাফেজ আতিকুল ইসলাম খাঁন স্বরণ) এবং এর খিদমতকে আরো বেগবান করার জন্য পাশাপাশি আরো ভূমির জন্য কান্নাকাটি ও দৌড়ঝাপ অব্যাহত রয়েছে। এই অল্প সময়ের মধ্যে উক্ত জায়গাতে দুতলা ফাউন্ডেশন দিয়ে ১০৬ ফিট্ দৈর্ঘ্যে একটি ভবন মোটামুটি একতলা কমপ্লিট করে মাদরাসার সকল কার্যক্রম চালু আছে। আলহামদুলিল্লাহ। প্রতিষ্ঠনের জামে মসজিদ "মসজিদে নামিরাহ্" "আল্লাহর কাছে সবেচেয়ে প্রিয় স্থান হলো মসজিদ" - এমনটিই বলেছেন রসুললুল্লাহ সাল্লাল্লাহু আলাইহি ওয়াসাল্লাম। (সহীহ মুসলিম)। মদীনায় এসে তাই তিনি সর্বপ্রথম মসজিদ নির্মাণের কাজে হাত দিয়েছিলেন। গড়ে তুলেছিলেন মসজিদে নববী'। নবীজি সাল্লাল্লাহু আলাইহি ওয়াসাল্লামের বাণী ও কর্মপদ্ধতিকে সামনে রেখে মাদরাসাতুল হারামাইনও প্রতিষ্ঠাতা ও সভাপতি আলহাজ্ব জসীমউদ্দিন আহমাদ সাহেবের সহযোগিতা ও অর্থায়নে ৫ শতাংশ জায়গা এবং জনাব আইয়ূব খান ইবনে শমসের খানের দানের আরো দেড় শতাংশ জায়গা (সর্বমোট সাড়ে ৬ শতাংশ) জায়গায় মসজিদে নামিরাহ নামে একটি জামে মসজিদ নির্মাণের বৃত্তি প্রস্তর স্থাপন করে কাজ চলোমান আছে । যাতে মসজিদের মাধ্যমে দ্বীনের নানামুখী খিদমত আঞ্জাম দেয়া যায়। এবং মানুষ ও সমাজকে আলোকিত ও সমৃদ্ধ করা যায়। আল্লাহ কবুল করুন।